1、出自姬姓，是以地名命姓的姓氏。周朝周敬王有个同族卿士简公受封于巩邑（今河南省巩县），称为巩简公。

2、出自古代羌族姓氏中有巩姓。源于古羌族，出自秦、汉时期羌族巩唐部，属于以部落名称汉化为氏。

3、源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。

4、源于满族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：满族崆果啰氏，亦称孔果洛氏，满语为Konggolo Hala，汉义“黄马”，世居黑龙江沿岸。清朝中叶以后，满族崆果啰氏多冠汉姓为巩氏、孔氏、广氏等。

5、源于锡伯族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：锡伯族孔果尔氏，世居黑龙江北岸地区。后有满族引为姓氏者，满语为Konggor Hala。清朝中叶以后，锡伯族、满族孔果尔氏多冠汉姓为巩氏、孔氏等。