支付凭证和支付报账单的区别在于两者是用于不同环节的财务凭证。支付凭证是财务凭证的一种，记录了某一笔款项的支付或收入情况，以及相关的账务科目、金额等内容，是财务支付过程中产生的主要凭证。而支付报账单则是对发生在某一时间段内的费用支出、收入款项情况汇总的一种报表，包括了各项事务的报销、借款、支出等详细信息。此外，支付凭证通常由财务人员根据实际的支付情况进行制作和填写，具有较高的准确性和权威性。而支付报账单则由需要报销费用的申请人填写、审核以及主管部门审批之后进行制作，因此在实际操作中可能存在比较大的主观因素。